# -*- encoding: utf-8 -*-
# @Author：lijinxi
# @Time ：2021/1/12 19:14
# @File：__init__.py.py

# 构建数据库
# .\bin\makeblastdb.exe -in .\sars-cov2.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out sars-conv2 -title sars-conv2
# 相似性搜索
# .\bin\blastn -query .\sars-cov2.fasta -db sars-conv2 -out alignments_with_filed.txt -outfmt 7

# Query id, Subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap openings, q.start, q.end, s.start, s.end,
# e-value, bit score
# 第一列为Query(递交序列)
# 第二列为数据库序列(目标序列subejct)
# 第三列为: identity
# 第四列为：比对长度
# 第五列为：错配数
# 第六列为：gap数
# 第七列和第八列为：Query开始碱基位置和结束碱基位置
# 第九列和第十列为：Subject开始碱基位置和结束碱基位置
# 第十一列为：期望值
# 第十二列为：比对得分

# 或者使用
# .\bin\blastn -query .\sars-cov2.fasta -db sars-conv2 -out alignments.xml -outfmt 14
# 生成详细的xml比对文件,在压缩包中

# 更多使用参考: .\bin\blastn -help
